臺灣光復後，行政區域重新化分，元長的行政區域隸屬台南縣北港區元長鄉，民國三十五年學校名稱更名為「元長鄉第一國民學校」，派蔡懋松校長擔任光復後首任校長，民國三十六年學校隸屬於台南縣，更名為「台南縣元長國民學校」，民國三十八年學校隸屬於雲林縣，更名為「雲林縣元長國民學校」，至民國五十八年開始實施九年國民教育，學校始更名為「雲林縣元長國民小學」。

參、實施九年國民教育後

民國五十八年開始實施九年國民教育，為使教師更能因材施教，學校於民國七十二年設立「特殊教育啟智班」服務身心障礙學生，民國七十四年設立「特殊教育藝能科-美術資優班」服務藝術資優的學生，期能奠定學生的美學基礎。